El laberinto del fauno

Ofelia (Ivana Baquero), una niña de 13 años amante de los cuentos está viajando con su madre Carmen (Ariadna Gil) quien se halla en un avanzado estado de gestación, hacia un pequeño pueblo al norte de España, donde se encontrarán con el nuevo padrastro de Ofelia, el capitán de la Policía Armada; Vidal (Sergi López) encargado de eliminar los últimos indicios de la guerrilla republicana escondida en los montes después de la guerra civil en 1944. En el camino, Ofelia se topa con un insecto extraño como mantis, que la sigue después de ser encontrado. El narrador explica que hace mucho tiempo en un mundo subterráneo, existía una princesa que deseaba vivir en el mundo de los humanos.
La princesa logró escapar, pero la luz del sol la cegó y al perder su inmortalidad, murió. Su padre, el rey del mundo subterráneo, sabía que su alma no había muerto, y que regresaría algún día a donde pertenecía, por lo que abrió portales alrededor del mundo esperando su retorno.
Al llegar al campamento, Ofelia conoce al capitán y se hace visible que es un hombre desagradable. En este campamento, localizado al lado de un molino, Ofelia conoce a Mercedes (Maribel Verdú), una de las trabajadoras en este lugar, con el doctor Ferreiro (Álex Angulo), suministran a escondidas medicinas y alimentos a los rebeldes de las montañas. Al lado del molino se hallan las ruinas de un viejo y extraño laberinto que intriga a Ofelia. Durante la primera noche, Ofelia es visitada por el extraño insecto que la guía hacia el laberinto. Allí, se encuentra con una estatua y un fauno (Doug Jones) quien le revela un gran secreto.
El fauno le dice que ella es en realidad una princesa y que ha sido buscada incesantemente por su padre. Para poder regresar, Ofelia debe pasar tres pruebas y demostrar que su esencia está intacta. El fauno le da un libro en blanco que le permitirá terminar las pruebas; con este libro, el fauno también le da tres piedras de ámbar para su primera misión.
Esa noche, Ofelia ve sin ser observada que Mercedes le pide medicinas al doctor Ferreiro para curar la pierna de uno de los integrantes de la partida guerrillera. Poco antes, Vidal asesina a un cazador y a su hijo cuando estos se quejaban de una requisa que el capitán les hacía sospechando que eran de los guerrilleros, cuando en verdad estaban cazando conejos en las montañas.
La primera prueba se lleva a cabo al siguiente día. Consiste en entrar en una cueva situada en las raíces de un árbol moribundo y encontrar a un sapo que está matando a la planta lentamente. Después de encontrarlo, debería de darle de comer las tres piedras y extraer una llave dorada de su vientre. Ofelia lleva esta tarea a cabo en su totalidad, pero al hacerlo, arruina el vestido que su madre hizo para que ella luciese en la cena de esa noche.
Esto decepciona a su madre, quien castiga a Ofelia esa noche. Al siguiente día, Ofelia abre el libro para saber de su nueva tarea, pero en vez de revelársela, el libro se llena de sangre. Carmen grita de dolor en la habitación, en la que Ofelia se apresura a entrar. Allí se encuentra su madre sangrando terriblemente. Llama al doctor inmediatamente y Carmen es sedada, el doctor le prescribe reposo absoluto. Ofelia es trasladada desde la habitación de su madre a otra habitación para que su madre pueda descansar. Esa misma noche el fauno aparece en la habitación de Ofelia preguntándole por qué no cumplió la segunda tarea, Ofelia le explica al fauno sus razones y este le regala una raíz de mandrágora; Ofelia debe ponerla en un cuenco de leche y alimentarla con dos gotas de su propia sangre cada día, y situarla debajo de la cama de su madre para hacerla sentir mejor. Así lo hace Ofelia al siguiente día. Antes de marcharse, el fauno advierte a Ofelia que su misión será muy peligrosa y le entrega un estuche que alberga tres hadas mágicas que la ayudarán en su misión. Le da, además, un pedazo de tiza (para abrirse paso) y un reloj de arena para llevar el tiempo exacto que debe durar su misión.
En términos enérgicos el fauno le indica que no debe comer nada en el lugar de su misión porque allí habita un ser que no es humano.
Llega la noche Mercedes y el doctor Ferreiro suben a escondidas al escondite de los guerrilleros, para que Ferreiro pueda atender a uno de ellos. Allí se revela que el líder guerrillero, Pedro, es hermano de Mercedes. El guerrillero herido, francés, tiene una herida muy grave en la pierna, que se le ha gangrenado. El doctor Ferreiro, sin más anestesia que aguardiente, tiene que amputarle la pierna.
Esa misma noche, Ofelia se dispone a cumplir su segunda misión. Dibuja una puerta en la pared con la tiza. Al abrir esta puerta, ve otra habitación muy extraña. Antes de descolgarse a la habitación, gira el reloj de arena (debe regresar antes de que la arena del reloj terminase de caer) y libera a las hadas, las cuales la dirigen hacia unas pequeñas puertas en la pared, como cajas fuertes. En esta habitación también hay una gran mesa llena de apetitosa comida de muchas clases y, sentado, se encontraba un monstruo sin ojos (el Hombre Pálido, también interpretado por Doug Jones).
En las paredes se hallan pinturas de este monstruo matando y comiendo niños pequeños. A un lado, hay una pila de zapatos de niños que sugiere un destino terrible. Ofelia utiliza la llave que obtuvo del vientre del sapo para abrir una de las tres puertas en la pared. Decide abrir la puerta de la izquierda a pesar de que las hadas le indicaron que abriese la que se encuentra en el medio. De esta saca una daga. Al dirigirse a la salida, Ofelia no puede resistir la tentación de comer dos uvas, sin tener en cuenta la advertencia que el fauno le había hecho previamente ni prestando atención a las advertencias de las hadas en ese momento. Esto causa que el Hombre Pálido se despierte y con sus ojos ocultos en las palmas de sus manos se disponga a atacar a Ofelia.

Las hadas se apresuran a defenderla, pero el monstruo captura a un par de ellas y les da muerte arrancando y comiéndoles la cabeza. Ofelia se apresura a la salida pero su tiempo se agota antes de llegar y la puerta se cierra enfrente de ella. Asustada logra hacer otra puerta en el techo y escapar con una sola hada instantes antes de que el monstruo la alcance.
Después de atender a su madre al día siguiente, Ofelia se entera (al escuchar una conversación entre el capitán y el doctor) que la vida de su madre no significa nada para el capitán, al que solo le preocupa su hijo neonato, continuador de su estirpe. Mientras tanto, el capitán Vidal se encamina a las montañas para atacar a los rebeldes. Allí encuentra una fogata apagada y entre sus rescoldos las mismas medicinas que el doctor le dio a Mercedes. Presumiblemente los guerrilleros habían tenido que huir y las habían tenido que dejar allí.
La mañana siguiente se desata un tiroteo en las montañas, y la mayor parte de los guerrilleros mueren en el enfrentamiento, sin embargo el capitán captura a uno de los rebeldes, malherido, para torturarlo.